Keliautas laiku Džeimsas Koulas atkeliau iš 2043-ųjų metų į dabartį, kad sustabdytų mirtiną virusą sukurtą organizacijos žinomos "Dvylikos Beždžionių armijos" pavadinimu. Koulo ateityje šis virusas pražudė 93.6% pasaulio gyventojų. Sau į pagalbą jis pasikviečią virusologę Kasandrą Reilį ir genialią matematikę turinčią psichinių problemų Dženifer Goins.